A kezdetekről nincs pontos adat, de a középkorban az első plébániai iskola lehetett, amelyben akkoriban írást, olvasást, számolást, bibliai történeteket és hittant tanítottak. Az l560. évi nagyszombati zsinat a hívek gyermekeinek tanítását a lelkészeknek már kötelezővé tette. Villány térsége ekkortájt török uralom alatt sínylődött, így iskola valószínűleg nem működött. Az első hiteles adat 1757-ből való, amikor is Klimó pécsi püspök már megemlítette, hogy a villányi plébánia az iskola épületében működött.
A történeti források egyértelműen mégis az 1776-os esztendőhöz kötik a villányi alapfokú oktatás kezdetét. 1787-ben a téli hónapokban 50 tanuló látogatta az iskolát. 1795-ben bevezették a vasárnapi iskolát, melybe az iparos- és kereskedő inasok hetente 2-2 órát jártak. 1825-ben egy másik épületet kapott az iskola, melyet 3 évvel később téglapadlóval láttak el.
1840-ben a püspök elrendelte, hogy az iskolai osztályzatokat attól fogva a plébánia jegyzőkönyvébe kellett írni. 1846-ban 362 iskolást vizsgáztatott az egyházi főhatóság. Az 1868. évi egyik törvény előírta a hatosztályú népiskolák felállítását, az iskolaszékek alakítását, 1869-ben az iskola állami fenntartásúvá vált. 1892-ben új iskolaépületet adtak át, melyben az oktatás-nevelés ismét a katolikus egyház irányítása alá került.
Az I. Világháború idején a tanítás csak zökkenőkkel folyt, mert az épületbe katonákat szállásoltak el és a tanítókat katonai szolgálatra hívták be. 1918-ban Baranyát, így Villányt is a Szerb-Horvát-Szlovén Királyság csapatai szállták meg. Az iskolapolitikát így Belgrádból irányították. A villányi iskolában ekkor - népszavazás alapján - a német lett a tanítás nyelve, de a tanítók titokban magyarul is oktattak. Az 1921. XXX. tc. előírta, hogy minden gyermeket a hatodik életévének betöltését követő tanévtől kezdődően kilenc éven át (6 elemi+3 év továbbképző iskolai) nyilvános oktatásban kell részesíteni.
A tantárgyakat magyar nyelven tanították, a német nyelv egy tantárgy volt a sok közül. Az 1939-es tanévtől kezdve az iskolában négy osztály működött, 3 kisebbségi és 1 magyar. 1941-ben a II. Világháború eseményeként ismét katonákat szállásoltak az iskola épületébe, így hónapokig szünetelt a tanítás. 1945 januárjában ismét megkezdődött a rendszeres tanítás. 1949 után az intézmény központi körzeti iskola lett, 10 település tartozott hozzá, 390 tanulóval. Az orosz nyelv tanítását ekkor tették kötelezővé.
1954-ben új épülettel gazdagodott az intézmény, kialakították a napközi otthont is.1968-ban gyógypedagógiai, kisegítő (speciális) tagozat alakult. 1968-ban kezdett kiépülni a szaktantermi rendszer. 1986-ban beindult a német kétnyelvű oktatás. 1996-ban beindult az alapfokú művészeti oktatás zene- és táncművészeti ágakban. Megalakul az Iskolai Sportkör. 1997-ben 12 számítógéppel és Internet hozzáféréssel számítástechnika tantermet adtak át. Ma a 353 tanulót 31 pedagógus oktatja.A német nemzetiségi nyelv és a számítástechnika oktatása kiemelt helyet foglal el pedagógiai programban.